Dua gol Napoli di babak pertama oleh Romelu Lukaku pada menit ke-5 dan Khvicha Kvaratskhelia (43') tidak mampu dibalas AC Milan.
Hasil minor ini adalah kekalahan ketiga AC Milan dalam 9 laga Liga Italia.
I Rossoneri tertahan di peringkat 8 klasemen dengan baru mengoleksi 14 poin.
Tim Merah-Hitam sudah tertinggal 11 poin dari Napoli yang memuncaki klasemen dengan 25 angka dari 10 pertandingan.
Kendati demikian, Fonseca sebagai pelatih masih punya mimpi tim asuhannya bisa meraih gelar juara.
"Tidak ada tim yang menjadi juara setelah 9 laga dan tidak ada juga tim yang sudah dipastikan gagal setelah 9 pertandingan," katanya seperti dikutip dari Tuttomercatoweb.
Fonseca berkilah bahwa tidak ada masalah dengan permainan AC Milan.
Dia berargumen bahwa pasukannya mampu memaksa Napoli banyak bertahan.
Statistik pertandingan memang memperlihatkan AC Milan lebih dominan.
Mereka membuat 13 tembakan dan 5 di antaranya tepat ke sasaran.
Di lain pihak, Napoli hanya membukukan 4 shot on target dari 9 percobaan.
Dari segi penguasaan bola, AC Milan punya 62 persen sedangkan Napoli 38 persen.
"Saya tentu saja mengharapkan kami memiliki lebih banyak poin sekarang," lanjut juru taktik asal Portugal itu.
"Saya tidak menyangka akan begini sulit untuk mengubah cara bermain kami."
"Tetapi, perubahan ini mulai terlihat."