Prabowo sebelumnya pernah menjadi pangkostrad dan banyak yang terjadi ketika ia masih bekerja.
Kisah yang melibatkan BJ Habibie dan Prabowo ini disampaikan sendiri oleh sang Presiden.
Habibie menuliskan kisahnya itu dalam bukunya yang berjudul "Detik-Detik yang Menentukan, Jalan Panjang Indonesia Menuju Demokrasi", tahun 2006 lalu.
Dalam buku itu, Habibie mengungkapkan, Prabowo pernah menemuinya pada tahun 1998.
Saat itu, Prabowo masih menjadi Pangkostrad.
Kedatangan Prabowo ke Istana tersebut pasca Habibie menerima laporan dari Panglima ABRI saat itu, Jenderal Wiranto.
Laporan itu berisi adanya gerakan pasukan Kostrad.
Oleh karena itu, Habibie pun meminta kepada Wiranto untuk segera mengganti Pangkostrad.
Selain itu, Pangkostrad yang baru dilantik juga harus segera memerintahkan pasukannya ke basis masing-masing pada hari itu juga sebelum matahari terbenam.
Hal itu kemudian membuat Habibie memiliki pertanyaan besar.
"Mengapa Prabowo tanpa sepengetahuan Pangab telah membuat kebijakan menggerakkan pasukan Kostrad?" tanya Habibie dalam buku itu.
BJ Habibie mengaku, dia sebenarnya cukup dekat dengan Prabowo.
Bahkan, Prabowo juga menganggap Habibie sebagai idolanya.
Meski demikian, menurut Habibie hal itu tidak boleh ditolerirnya.
Saat Prabowo masuk ke dalam ruangannya, Habibie merasa puas, karena Prabowo tidak membawa senjata apapun.