Sedangakan untuk pembatalan per tanggal 1 April 2020 hingga 30 April 2020 (Pembatalan KA tahap kedua) ada sebanyak 4 KA yang dibatalakan perjalanannya, yang dimana meliputi:
1. KA Sancaka Utara (KA165-168-169 / KA 170-167-166) relasi Surabaya Pasar Turi - gambringan -Solo - Kutoarjo.
2. KA Mutiara timur (KA 184/ KA 185) relasi surabaya Gubeng - Ketapang.
3. KA logawa (KA 300-297 / KA 298-299) relasi Jember - Surabaya Gubeng -Purwokerto.
4. KA Gaya Baru malam Selatan (KA 111/ KA 112) relasi Surabaya Gubeng - Pasar Senen/PP.
Suprapto juga mengatakan kesemua pembatakan perjalanan KA tersebut diharapkan bisa menciptakan kondisi yang baik, yang dimana agar penyebar virus corona di Jatim tidak semakin luas.
"Dengan adanya sebanyak 12 Perjalanan KA yang mengalami pembatalan operasi di wilayah kami, maka semoga bisa mencegah penyebaran virus corona di wilayah Jatim," harapnya.