Ia menjadi bingung, pasalnya Letkol Untung baru saja mengkudeta kabinetnya, dan pada saat yang sama Soeharto juga secara terang-terangan berani membangkang instruksinya.
Namun karena pasukan TNI AD mulai memasuki Halim, Soekarno kemudian terpaksa “diungsikan” ke Istana Bogor.
Tapi justru ketika berada di Istana Bogor itulah, Soeharto yang sudah memiliki segudang pengalaman tempur, secara perlahan berhasil “mengambil alih” perintah Soekarno
Soeharto mengambil alih aksi penumpasan G30S/PKI, dan tiga tahun kemudian menggantikan posisi Soekarno sebagai Presiden RI.