Dia pun terlibat dalam penculikan Soekarno-Hatta ke Rengasdengklok, yang membuahkan hasil diproklamasikannya kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945.

Setelah proklamasi kemerdekaan RI, Chaerul Saleh menjadi wakil ketua dan sekretaris Pusat Pemuda.

Dia juga menjadi ketua Komite van Aksi, yang kemudian diganti menjadi Angkatan Pemuda Indonesia (API).

Ketika Belanda melancarkan Agresi Militer II, Chaerul Saleh turut bersama Divisi Siliwangi melakukan Long March dari Yogyakarta ke Karawang dan Sanggabuana.

Di sana dia melakukan perang gerilya bersama Laskar Rakyat.

Sikapnya yang militan dan tidak bersedia berhubungan dengan Belanda dalam bentuk apa pun membuat Laskar Rakyat harus berhadapan dengan pemerintah.

Sejak awal, Chaerul Saleh terang-terangan menolak hasil perundingan Indonesia-Belanda seperti Perundingan Linggarjati, Renville, Roem-Royen, hingga Konferensi Meja Bundar (KMB).

Akibat dari oposisi bersenjata terhadap keputusan KMB, yang dianggap melanggar hukum Pemerintah RI, Chaerul Saleh sempat dipenjara.

Dengan campur tangan Muhammad Yamin yang menjabat Menteri Kehakiman, Chaerul Saleh dibebaskan.

Dia kemudian "dibuang" ke luar negeri dengan dalih tugas belajar ke Eropa.

Chaerul Saleh melanjutkan pendidikan di Fakultas Hukum Universitas Bonn di Jerman Barat (1952-1955).

Di Jerman Barat, ia menghimpun para pelajar Indonesia dan mendirikan Perhimpunan Pelajar Indonesia (PPI).

Pada 1956, Chaerul Saleh kembali ke Indonesia.

Kepeduliannya kepada nasib bekas anak buahnya di Laskar Rakyat mendorongnya mengupayakan perbaikan nasib bagi mereka hingga terbentuk Legiun Veteran Republik Indonesia (LVRI).

Setelah itu, Chaerul Saleh perlahan masuk ke pemerintahan hingga akhirnya menjadi salah satu penasihat politik sekaligus orang kepercayaan Soekarno.