Dirinya pernah menempuh pendidikan di Madrasah Tsanawiyah Negeri di Jombang, lalu melanjutkan ke Madrasah Aliyah Negeri I Yogyakarta.

Selanjutnya pada 1985, ia melanjutkan pendidikan sarjana di FISIP UGM hingga lulus pada  1991.

Untuk pendidikan pascasarjana, Cak Imin mengambil pendidikan bidang komunikasi di Universitas Indonesia (UI) dan mendapatkan gelar master pada 2001.

Baca juga: Muncul Kabar Duet Anies Baswedan-Cak Imin, PKS Jatim Pasrahkan Urusan Pilpres 2024 ke DPP

Karir dan organisasi

Muhaimin Iskandar pernah mengajar di Pondok Pesantren Denanyar Jombang tahun 1980-1983.

Kemudian saat masih kuliah, Cak Imin cukup aktif berorganisasi.

Tercatat ia pernah menduduki sejumlah jabatan di PMII, yaitu sebagai:

- Ketua Ketua Korps FISIPOL PMII UGM pada 1988.

- Ketua Umum PMII UGM pada 1990-1991.

- Ketua Umum PMII Cabang Yogyakarta (1991-1997).

- Ketua Umum Pengurus Besar PMII (1994-1997).

Ia juga aktif di Badan Perwakilan Mahasiswa pada 1990, serta di Komite Nasional Pemuda Indonesia (KNPI).

Selanjutnya ia juga pernah menjadi Kepala Litbang Tabloid Detik pada tahun 1993.

Terjun ke dunia politik

Muhaimin Iskandar mulai terjun ke dunia politik saat bersama para seniornya mendirikan Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) yang dideklarasikan pada 23 Juli 1998.